Prodi S2 Pendidikan Ekonomi didirikan atas inisiatif dari tim dosen S1 Pendidikan Ekonomi berkolaborasi dengan pimpinan dan dosen di seluruh Fakultas Ekonomi yang diajukan pada tahun 2019 dan mendapat persetujuan sebagai Prodi baru di Pasasarjana Unesa pada tahun 2010 dengan SK operasional Keputusan Menteri Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 209 / D / O/ 2010 tentang Penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Ekonomi (S2) pada Universitas Negeri di Surabaya. Saat ini memiliki Status Akreditasi BAN-PT dengan Nomor Surat Keputusan 5245/SK/BAN-PT/Akred/PT/XII/2017, dengan peringkat A.

Dengan keluarnya ijin operasional prodi maka Prodi S2 Pendidikan Ekonomi siap melaksanakan kegaitan belajar mengajar dengan angkatan pertama tahun 2010 dan sampai tahun 2020 ini telah meluluskan lebih kurang 260 mahasiswa dari kelas reguler dan kelas kerjasama Pemprov jatim untuk guru sekolah bertaraf internasional (SBI), Pemkot Surabaya, Pemprov Kaltim, dan Kemenag.

Prodi S2 Pendidikan memiliki dosen pengajar bergelar Doktor dari dosen Fakultas Ekonomi dan dosen Fakultas lain di Unesa yang keahliannya relevan dengan mata kuliah, dan dalam proses belajar mengajarnya didukung fasilitas yang bekerjasama dengan Fakultas Ekonomi seperti lab mengajar dan praktik mengajar di jurusan Pendidikan Ekonomi, lab galery investasi, dan  tax center.

Guna meningkatkan softskill mahasiswa, prodi telah memprogramkan kegiatan wajib bagi mahasiswa seperti mengikuti Seminar nasional maupun internasional, terjun ke masyarakat berbagi ilmu dalam bentuk kegiatan pengabdian kepada masyarakat, menambah wawasan luar negeri dengan mengikuti seminar atau workshop di luar negeri.